Ир, а они спят в этих будках?
Может им будки не нравятся, не воспринимают они их как место проживания, а потому и гадить в них можно.
Местами (вольерами) собак не меняла, т.е не было у них необходимости перемечать друг за другом?
И зачем полы менять?
У нас давненько были эксцессы дома, но полы мы не меняли
, помыла со средством отбивающим запах (какое-то буржуйское было, оч хорошее) и нормуль.
Как вариант, на время постелить че-нить эдакое любимое собаками, что они пачкать не захотят.